Підпорядкованість університетів державної форми власності 26 різним міністерствам і відомствам є додатковою проблемою, яка ілюструє незграбність вищої освіти.

Про це повідомив Іван Вакарчук на підсумковій колегії МОН «Мета реформ у вищій школі–якість і доступність освіти»: «Намагання Міністерства освіти і науки виконати доручення Президента України і Кабінету Міністрів України щодо централізації управління галуззю незмінно наштовхувалися на опір інших міністерств. Обґрунтовувати доцільність передачі вищих навчальних закладів у підпорядкування Міністерству освіти і науки ми більше не будемо — вона очевидна. Ми вже розробили «дорожню карту», яка передбачає проведення поетапної передачі впродовж 2010–2011 років, з конкретними датами, вищих навчальних закладів у підпорядкування МОН».

Нині в Україні діє 881 вищий навчальний заклад, з них 240 — ІІІ–ІV рівнів акредитації всіх форм власності та підпорядкування. Для порівняння: в Ѓвропі, зокрема,  в Італії на 60 мільйонів населення  припадає 65 університетів, у Франції на 63 мільйони – 41,  в Іспанії на 45 мільйонів  – 60, у Великій Британії  на майже 61 мільйон  – 142.

У 2008–2009 навчальному році рішенням ДАК, як повідомив Міністр, були позбавлені  ліцензій за окремими спеціальностями та припинили освітню діяльність майже 30 навчальних закладів. Це відбувалося шляхом приєднання технікумів до університетів та ліквідації окремих ВНЗ або їх структурних підрозділів.

Леонід Губерський, ректор Київського національного університету імені Тараса Шевченка звернув увагу присутніх на необхідність оптимізації вищих навчальних закладів: «В Україні надзвичайно велика кількість університетів. Ми, напевно, дуже багата країна, якщо дозволяємо собі таку розкіш. Проблему «заговорили», оскільки  з року в рік точаться розмови довкола цієї теми, але реального  вирішення немає». Леонід Губерський також наголосив на важливості вивчення фізико-математичних дисциплін: «Не будуть розвиватися фундаментальні науки, не буде поштовху вперед. Проблема глибока і непроста – не вистачає фахівців, відсутній належний інтерес до цих наук у суспільстві. Варто ввести обов’язкове тестування з математики, а, можливо, й фізики. Таким чином ми заохочуватимемо випускників до вивчення цих дисциплін у школі».